L’Istituto comprensivo Lipari – S. Lucia è costituito da una sede centrale, situata a Lipari in via prof. Emanuele Carnevale, di fronte all’antica chiesetta di S. Lucia. Nella sede centrale trovano posto tre sezioni di scuola secondaria di primo grado, alcuni laboratori didattici e gli uffici di Presidenza e di Segreteria. A questo Istituto appartengono inoltre i plessi della frazione Canneto (scuola d’infanzia, primaria e secondaria di 1°), della frazione Pianoconte (infanzia, primaria e secondaria di 1°), della frazione Quattropani (infanzia, primaria e secondaria di 1°) e della vicina isola di Vulcano (infanzia, primaria e secondaria di 1°).